De Vereniging Cupertino werd opgericht in 1946. Zij ontwikkelde zich tot een landelijke vereniging van katholieke sociaalpedagogische diensten en gezinsvervangende tehuizen. In 1977 werd de werkontwikkeling van sociaalpedagogische diensten overgedragen het bureau SOMMA. De gezinsvervangende tehuizen bundelden zich in een koepel, waaruit na meerdere fusies de Vereniging GehandicaptenZorg Nederland (VGN) voortkwam. Deze ontwikkelingen leidden in de jaren tachtig tot een bijstelling van de missie van Cupertino: het bevorderen van aandacht voor levensbeschouwing en ethiek in de zorg. In 1997 werd de vereniging omgevormd tot een stichting. Vanaf 2003 werd samen gewerkt met Reliëf, christelijke vereniging van zorgaanbieders. Vanaf 2015 werd deze samenwerking structureel.