Tussen 1965 en 1967 werden de seculiere en reguliere priesteropleidingen vervangen door theologische hogescholen. Overleg daarover tussen de bisschoppen en oversten vond plaats in het Centraal Overleg Orgaan. Dat resulteerde onder andere in de oprichting in 1967 van de Kardinaal Alfrink Stichting (KAS) waaronder twee dochterstichtingen vielen: de KTHA in Amsterdam en de KTHU in Utrecht. De beide dochterstichtingen functioneerden in feite zelfstandig. Voor de pastorale vorming bestond van 1967-1970 het Gemeenschappelijk Pastoraal Instituut (GPI), gevestigd in Amsterdam. In 1974 werd de KTHA door het rijk erkend als wetenschappelijke instelling. Vanaf 1987 werden de hogescholen universiteiten genoemd om onderscheid te maken met het HBO. In 1989 concludeerde de Verkenningscommissie Godgeleerdheid (VCG) dat de KTUA en de KTUU moesten fuseren, met Utrecht als vestigingsplaats werd. De KTUA verzette zich en zocht naar mogelijkheden tot samenwerking met Heerlen en Nijmegen - het zogenaamde HAN-overleg. Uiteindelijk werd 1992 een fusie aangegaan met de KTUU. De nieuwe instelling werd Katholieke Theologische Universiteit te Utrecht genoemd.