Nadat in 1806 in Ned. Indië de godsdienstvrijheid was afgekondigd, werd op 8 mei 1807 de apostolische prefectuur van Nederlands Oost-Indië opgericht. In 1826 werd Batavia aangewezen als het bestuurlijk centrum van de missie in Ned. Indië en werd vastgelegd dat de prefectuur heel dit gebied zou omvatten (behalve Flores dat toen nog ten dele Portugees bezit was). Op 20 september 1842 werd de prefectuur tot apostolisch vicariaat van Batavia verheven. Tot aan het begin van de 20e eeuw bestuurde de apostolisch prefect, later vicaris, de missionaire activiteiten in de gehele Indonesische archipel. Sinds 1893 werd het vicariaat bediend door Jezuïeten. Tussen 1900 en 1940 werd het apostolisch vicariaat steeds kleiner omdat er apostolische prefecturen en vicariaten van werden afgescheiden. Rond 1940 omvatte het vicariaat Batavia alleen nog delen van Midden-Java. De apostolisch vicaris behield echter zijn coӧrdinerende rol omdat hij in de hoofdstad Batavia/Jakarta woonde. In 1961 kreeg Indonesië een eigen bisschoppelijke hiërarchie en werd Jakarta een aartsbisdom.